Archivos de Salida

La herramienta ViralFlow genera 2 tipos de salida: específica y compilada.

Salidas Específicas

Para cada muestra en el análisis, se creará un directorio de resultados con el patrón prefijo_results donde el prefijo es un código creado a partir del nombre del archivo fastq de la muestra. Cada directorio tiene los siguientes resultados:

Archivo	Descripción
prefijo.all.fa.pango.out.csv	Archivo tabular con los resultados de la herramienta pangolin
prefijo.ann.vcf	Archivo en formato TSV (Tab separated value) con anotación de las variantes hechas por la herramienta snpEff
prefijo.depth5.all.fa.nextclade.csv	Archivo tabular con los resultados de la herramienta nextclade
prefijo.depth5.amb.fa	Genoma consenso con nucleótidos ambiguos en posiciones de múltiples alelos
prefijo.depth5.fa	Genoma consenso con nucleótidos mayoritarios. Consenso mayoritario, normalmente depositado en GISAID
prefijo.depth5.fa.algn	Genoma consenso alineado con genoma de referencia (siguiendo el mismo tamaño, mafft –keeplenght)
prefijo.depth5.fa.algn.minor.fa	Genoma consenso con nucleótidos minoritarios
prefijo.depth5.fa.bc.intrahost.short.tsv	Archivo tabular resumiendo las posiciones genómicas donde se soportan variantes intra-huésped
prefijo.depth5.fa.bc.intrahost.tsv	Archivo tabular con toda la información sobre posiciones de variantes intra-huésped
prefijo.mapped.R1.fq.gz	Archivo FASTQ R1 con reads mapeadas
prefijo.mapped.R2.fq.gz	Archivo FASTQ R2 con reads mapeadas
prefijo.metrics.genome.tsv	Archivo tabular con métricas de profundidad de mapeo y cobertura
prefijo.fastp.html	Archivo HTML resumiendo los resultados de la herramienta fastp
prefijo_snpEff_summary.html	Archivo HTML resumiendo los resultados de la herramienta snpEff
prefijo.sorted.bam	Archivo con el mapeo ordenado de las reads de la muestra contra el genoma de referencia
prefijo.tsv	Archivo similar al VCF generado por iVar
prefijo.unmapped.R1.bam.fq	Archivo FASTQ R1 con reads no mapeadas
prefijo.unmapped.R2.bam.fq	Archivo FASTQ R2 con reads no mapeadas
prefijo.vcf	Archivo VCF
metrics.alignment_summary_metrics	Archivo de texto con un resumen de varias métricas del mapeo
nextclade.errors.csv	Archivo informando errores de nextclade
nextclade_gene_*.translation.fasta	Archivo con las proteínas de cada gen
snpEff_genes.txt	Archivo tabular con el número de variantes e impacto estimado por gen
wgs	Archivo textual con métricas de mapeo, incluyendo profundidad por región
prefijo_coveragePlot.png	Archivo PNG con visualización gráfica de la cobertura del genoma
prefijo_coveragePlot.svg	Archivo SVG con visualización gráfica de la cobertura del genoma
prefijo_coveragePlot.html	Archivo HTML con visualización gráfica de la cobertura del genoma
prefijo_snpPlot.png	Archivo PNG con visualización gráfica de los SNPs
prefijo_snpPlot.svg	Archivo SVG con visualización gráfica de los SNPs
prefijo_snpPlot.html	Archivo HTML con visualización gráfica de los SNPs
prefijo_depthPlot.png	Archivo PNG con visualización gráfica de la profundidad
prefijo_depthPlot.svg	Archivo SVG con visualización gráfica de la profundidad
prefijo_depthPlot.html	Archivo HTML con visualización gráfica de la profundidad

Salidas Compiladas

ViralFlow también genera salidas compiladas que agregan resultados de todas las muestras:

Archivo	Descripción
assembly_statistics_summary.tsv	Resumen de las estadísticas de ensamblaje para todas las muestras
alignment_metrics_summary.tsv	Resumen de las métricas de alineamiento para todas las muestras
all_consensus.fasta	Secuencias consenso concatenadas para todas las muestras
intrahost_summary.tsv	Información compilada de variantes intra-huésped para todas las muestras