Parámetros

Esta página describe todos los argumentos de línea de comando y parámetros disponibles en ViralFlow.

Archivo de Parámetros

ViralFlow requiere un archivo de parámetros que contiene todas las opciones de configuración. Ejemplos de archivos de parámetros se pueden encontrar en el directorio test_files.

Referencia de Parámetros

Argumento	Valor Predeterminado	Descripción
virus	sars-cov2	Tipo de análisis (sars-cov2 o custom)
primersBED	null	Ruta absoluta al archivo bed con información de primers usados en la amplificación genómica (opcional)
outDir	launchDir/output/	Ruta absoluta al directorio donde se almacenarán los resultados
inDir	launchDir/input/	Ruta absoluta al directorio con los datos de entrada (directorio con los archivos FASTQ)
runSnpEff	true	Necesario para ejecutar la herramienta snpEff (true o false)
writeMappedReads	true	Necesario para generar los archivos FASTQ que contienen las reads de secuenciación que mapearon al genoma de referencia
minLen	75	Tamaño mínimo que las reads deben tener. Reads por debajo de este umbral serán eliminadas por FastP
depth	5	Profundidad de cobertura mínima para llamar bases de consenso. Posiciones con profundidad de cobertura menor no serán llamadas y se agregará un «-» a la respectiva posición genómica de consenso
mapping_quality	30	Umbral de calidad de mapeo usado para variant calling
base_quality	30	Umbral de calidad de base usado para variant calling
minDpIntrahost	100	Profundidad de cobertura mínima por sitio genómico para ser considerado en el análisis intra-huésped
trimLen	0	Número de bases que deben ser recortadas en ambos extremos de las reads
refGenomeCode	null	Código del genoma a ser usado en el análisis custom
referenceGFF	null	Archivo GFF del genoma a ser usado en el análisis custom
referenceGenome	null	Archivo Fasta del genoma a ser usado en el análisis custom
nextflowSimCalls	null	Número de llamadas simultáneas que nextflow puede realizar
fastp_threads	1	Número de threads a ser usados en la etapa de filtrado de reads de fastp
bwa_threads	1	Número de threads a ser usados en la etapa de mapeo de bwa
mafft_threads	1	Número de threads a ser usados en la etapa de alineamiento de mafft
dedup	false	Este argumento habilita el modo dedup de fastp. Para activarlo, cambie el valor a true en el archivo de parámetros de prueba
ndedup	3	Cuando el modo dedup está activo, puede usar niveles de precisión (1 - 6). Puede cambiar este valor, pero recomendamos el estándar. Cuanto mayor, más RAM y tiempo se consumen. Para activar, cambie el valor de 1 a 6 en el archivo de parámetros de prueba