Arquivos de Saída

A ferramenta ViralFlow gera 2 tipos de saída: específica e compilada.

Saídas Específicas

Para cada amostra na análise, um diretório de resultados será criado com o padrão prefixo_results onde o prefixo é um código criado a partir do nome do arquivo fastq da amostra. Cada diretório possui os seguintes resultados:

Arquivo	Descrição
prefixo.all.fa.pango.out.csv	Arquivo tabular com os resultados da ferramenta pangolin
prefixo.ann.vcf	Arquivo em formato TSV (Tab separated value) com anotação das variantes feitas pela ferramenta snpEff
prefixo.depth5.all.fa.nextclade.csv	Arquivo tabular com os resultados da ferramenta nextclade
prefixo.depth5.amb.fa	Genoma consenso com nucleotídeos ambíguos em posições de múltiplos alelos
prefixo.depth5.fa	Genoma consenso com nucleotídeos majoritários. Consenso majoritário, normalmente depositado no GISAID
prefixo.depth5.fa.algn	Genoma consenso alinhado com genoma de referência (seguindo mesmo tamanho, mafft –keeplenght)
prefixo.depth5.fa.algn.minor.fa	Genoma consenso com nucleotídeos minoritários
prefixo.depth5.fa.bc.intrahost.short.tsv	Arquivo tabular resumindo as posições genômicas onde variantes intrahospedeiro são suportadas
prefixo.depth5.fa.bc.intrahost.tsv	Arquivo tabular com todas as informações sobre posições de variantes intrahospedeiro
prefixo.mapped.R1.fq.gz	Arquivo FASTQ R1 com reads mapeadas
prefixo.mapped.R2.fq.gz	Arquivo FASTQ R2 com reads mapeadas
prefixo.metrics.genome.tsv	Arquivo tabular com métricas de profundidade de mapeamento e cobertura
prefixo.fastp.html	Arquivo HTML resumindo os resultados da ferramenta fastp
prefixo_snpEff_summary.html	Arquivo HTML resumindo os resultados da ferramenta snpEff
prefixo.sorted.bam	Arquivo com o mapeamento ordenado das reads da amostra contra o genoma de referência
prefixo.tsv	Arquivo similar ao VCF gerado pelo iVar
prefixo.unmapped.R1.bam.fq	Arquivo FASTQ R1 com reads não mapeadas
prefixo.unmapped.R2.bam.fq	Arquivo FASTQ R2 com reads não mapeadas
prefixo.vcf	Arquivo VCF
metrics.alignment_summary_metrics	Arquivo de texto com um resumo de várias métricas do mapeamento
nextclade.errors.csv	Arquivo relatando erros do nextclade
nextclade_gene_*.translation.fasta	Arquivo com as proteínas de cada gene
snpEff_genes.txt	Arquivo tabular com o número de variantes e impacto estimado por gene
wgs	Arquivo textual com métricas de mapeamento, incluindo profundidade por região
prefixo_coveragePlot.png	Arquivo PNG com visualização gráfica da cobertura do genoma
prefixo_coveragePlot.svg	Arquivo SVG com visualização gráfica da cobertura do genoma
prefixo_coveragePlot.html	Arquivo HTML com visualização gráfica da cobertura do genoma
prefixo_snpPlot.png	Arquivo PNG com visualização gráfica dos SNPs
prefixo_snpPlot.svg	Arquivo SVG com visualização gráfica dos SNPs
prefixo_snpPlot.html	Arquivo HTML com visualização gráfica dos SNPs
prefixo_depthPlot.png	Arquivo PNG com visualização gráfica da profundidade
prefixo_depthPlot.svg	Arquivo SVG com visualização gráfica da profundidade
prefixo_depthPlot.html	Arquivo HTML com visualização gráfica da profundidade

Saídas Compiladas

O ViralFlow também gera saídas compiladas que agregam resultados de todas as amostras:

Arquivo	Descrição
assembly_statistics_summary.tsv	Resumo das estatísticas de montagem para todas as amostras
alignment_metrics_summary.tsv	Resumo das métricas de alinhamento para todas as amostras
all_consensus.fasta	Sequências consenso concatenadas para todas as amostras
intrahost_summary.tsv	Informações compiladas de variantes intrahospedeiro para todas as amostras