Parâmetros

Esta página descreve todos os argumentos de linha de comando e parâmetros disponíveis no ViralFlow.

Arquivo de Parâmetros

O ViralFlow requer um arquivo de parâmetros que contém todas as opções de configuração. Exemplos de arquivos de parâmetros podem ser encontrados no diretório test_files.

Referência de Parâmetros

Argumento

Valor Padrão

Descrição

virus

sars-cov2

Tipo de análise (sars-cov2 ou custom)

primersBED

null

Caminho absoluto para o arquivo bed com informações dos primers usados na amplificação genômica (opcional)

outDir

launchDir/output/

Caminho absoluto para o diretório onde os resultados serão armazenados

inDir

launchDir/input/

Caminho absoluto para o diretório com os dados de entrada (diretório com os arquivos FASTQ)

runSnpEff

true

Necessário para executar a ferramenta snpEff (true ou false)

writeMappedReads

true

Necessário para gerar os arquivos FASTQ contendo as reads de sequenciamento que mapearam no genoma de referência

minLen

75

Tamanho mínimo que as reads devem ter. Reads abaixo deste limite serão eliminadas pelo FastP

depth

5

Profundidade de cobertura mínima para chamar bases consenso. Posições com profundidade de cobertura menor não serão chamadas e um “-” será adicionado à respectiva posição genômica consenso

mapping_quality

30

Limiar de qualidade de mapeamento usado para variant calling

base_quality

30

Limiar de qualidade de base usado para variant calling

minDpIntrahost

100

Profundidade mínima de cobertura por sítio genômico para ser considerado na análise intrahospedeiro

trimLen

0

Número de bases que devem ser cortadas em ambas as extremidades das reads

refGenomeCode

null

Código do genoma a ser usado na análise custom

referenceGFF

null

Arquivo GFF do genoma a ser usado na análise custom

referenceGenome

null

Arquivo Fasta do genoma a ser usado na análise custom

nextflowSimCalls

null

Número de chamadas simultâneas que o nextflow pode realizar

fastp_threads

1

Número de threads a serem usadas na etapa de filtragem de reads do fastp

bwa_threads

1

Número de threads a serem usadas na etapa de mapeamento do bwa

mafft_threads

1

Número de threads a serem usadas na etapa de alinhamento do mafft

dedup

false

Este argumento habilita o modo dedup do fastp. Para ativá-lo, mude o valor para true no arquivo de parâmetros de teste

ndedup

3

Quando o modo dedup está ativo, você pode usar níveis de precisão (1 - 6). Você pode alterar este valor, mas recomendamos o padrão. Quanto maior, mais RAM e tempo são consumidos. Para ativar, mude o valor de 1 a 6 no arquivo de parâmetros de teste